著書（単著）
①『人骨出土例にみる縄文の墓制と社会』，同成社，2008年。
②『生と死の考古学−縄文時代の死生観−』，東洋書店，2008年。
③『縄文人がぼくの家にやってきたら！？』，実業之日本社，2014年
④『老人と子供の考古学』，歴史文化ライブラリー380，吉川弘文館，2014年。
⑤『つくられた縄文時代−日本文化の原像を探る−』，新潮社選書，2015年
⑥『縄文人の死生観』，角川ソフィア文庫，2018年（『生と死の考古学』を加筆・復刊）
⑦『縄文時代の歴史』，講談社現代新書，2019年。
⑧『縄文人も恋をする!?　54のQ&Aで読み解く縄文時代』,ビジネス社，2022年。
⑨『槻ノ木遺跡出土品』国立歴史民俗博物館資料図録12，2022年

著書（共著・監修）
①『縄文時代の不思議と謎』，実業之日本社，2019年。
②『日本の歴史　生活図鑑』，東京書籍、2021年。
③『地図でスッと頭に入る縄文時代』，昭文社，2021年。
④『動く図鑑MOVE　日本の歴史』，講談社，2022年。
⑤『論点・日本史学』，ミネルヴァ書房，2022年。

論文
単著(特に重要なもののみ）
①「多数合葬例の意義」『考古学研究』第42巻第2号，52-67頁，1995年
②「鳥形木製品の再検討」『信濃』第48巻第4号，1-27頁，1996年
③「縄文家犬用途論」『動物考古学』第8号，37-53頁，1997年
④「縄文時代の子供の埋葬」『日本考古学』第4号，1-39頁，1997年
⑤「北米北西海岸における先史時代の墓制」『縄文時代』第16号，175-200頁，2005年
⑥「山陰地方の弥生絵画」『原始絵画の研究－論考編－』，193-230頁，六一書房，2006年
⑦「総論　縄文時代の葬制」小杉康他編『縄文時代の考古学』第9巻　死と弔い・葬制，3-17頁，同成社，2007年
⑧「装身具の着装意義」小杉康他編『縄文時代の考古学』第10巻　人と社会，167-179頁，同成社，2008年
⑨「墓と人骨」松木武彦他編『弥生時代の考古学』第8巻　集落から読む弥生社会，112−129頁，同成社，2008年
⑩「縄文文化と弥生文化」藤尾慎一郎他編『弥生時代の考古学』第1巻　弥生文化の輪郭，165-183頁，同成社，2009年
⑪「縄文時代における「階層性」と社会構造」『考古学研究』第57巻第2号，6-21頁，2010年
⑫「弥生集団論の検証と行方」藤尾慎一郎他編『弥生時代の考古学』第9巻　弥生研究のあゆみと行方，133−150頁，同成社，2011年
⑬「縄文時代の親族組織」泉拓良・今村啓爾編『講座日本の考古学』第4巻，588-615頁，青木書店，2014年
⑭「鳥居龍蔵と柳田國男−「先住民＝アイヌ」説をめぐる二つの対応−」『国立歴史民俗博物館研究報告』第202集，181-212頁，2017年
⑮「「モニュメント」としての多数合葬・複葬例再考−下太田貝塚における多数遺骸集積土坑の検討を中心に−」『国立歴史民俗博物館研究報告』第208集，143-164頁，2018年
⑯「縄文時代におけるマメ科植物栽培の社会的ポテンシャル」設楽博己編『農耕文化複合形成の考古学』，177-194頁，雄山閣，2019年
⑰「縄文時代の墓制と装身具・副葬品の関係」『身を飾る縄文人−副葬品から見た縄文社会−』，267−289頁，雄山閣，2019年。
⑱「縄文時代早期の人骨出土例における埋葬属性」『国史学』第229号，39-58頁，2019年。
⑲「岡山県津雲貝塚から出土したサメ被害による死亡者の埋葬形態について」『縄文時代』第33号、57-63頁、2022年
⑳ Archaeological and Anthropological views of Jomon society: methods and practices Anthropological Science 130-1, 2022.

共著（特に重要なもののみ）
①「韓国釜山市加徳島獐項遺跡出土新石器時代人骨の年代学的調査について」『文物』第9号，韓国文物研究院，pp.151-166，2019(瀧上舞・坂本稔・藤尾慎一郎と共著)
②Soichiro Kusaka, Yasuhiro Yamada, Minoru Yoneda 2018 Ecological and cultural shifts of hunter-gatherers of the Jomon period paralleled with environmental changes 　American Journal of Physical Anthropology 167 pp.377-388，2018.
③Hugh McColl, Yasuhiro Yamada, et al. The prehistoric peopling of Southeast Asia　Science 361 (6397), pp.88-92, 2018.
④Takashi Gakuhari, Shigeki Nakagome, Yasuhiro Yamada, Hiroki Oota et al. Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations Communications Biology 3, pp.1–10, 2020.
⑤J.Alyssa White, George H.Burgess, Masato Nakatsukasa, Mark J. Hudson, John Pouncett, Soichiro Kusaka, Minoru Yoneda, Yasuhiro Yamada, Rick J. Schulting 3000-year-old shark attack victim from Tsukumo shell-mound, Okayama, Japan Journal of Archaeological Science 38，2021.

第7回古代歴史文化賞優秀賞（2019年）

日本考古学協会　埋蔵文化財保護活用委員会委員長（2022年度〜）
日本考古学協会　埋蔵文化財保護活用委員会　（2015年度〜）
縄文時代文化研究会　運営編集委員　（2008年度〜）
日本人類学会　学会誌編集委員会　（2016〜2020年度）

清水書院高校日本史教科書編纂執筆委員（2019年度〜）
岩手県北上市八天遺跡史跡整備検討委員会委員委員長（2019年度〜）
福島県二俣町前田遺跡整備活用委員（2022年度〜）
千葉県佐倉市井野長割遺跡整備検討委員会委員（2016〜2019年度）
愛知県西尾市史編纂執筆委員会委員（2017〜2019年度）
（公財）髙梨学術奨励基金評価担当選考委員（2018〜2022年度）
朝日カルチャーセンター新宿・千葉講師（2019年度）
ＮＨＫ青山・名古屋文化センター講師（2019年度）
ＮＨＫカルチャーラジオ『歴史再発見』講師（2019年度）
静岡新聞SBS学苑「古代講座」講師（2018年度〜）
川崎市民アカデミー講師（2023年度〜）
新潟県十日町市歴史講演会講師（2019年度）
愛知県西尾市史刊行記念講演会講師（2019年度）
長野県茅野市教育委員会講演会講師（2019年度）
東京都東村山市ふるさと歴史館講演会講師（2019年度）
東京都新宿区きのえね会講演会講師（2020年度〜）
福島県福島市教育委員会講演会講師（2022年度）
大分県中津市教育委員会講演会講師（2022年度）
茨城県守谷市教育委員会講演会講師（2022年度）
史跡大森貝塚記念保存会講演会講師（2022年度）

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