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TAMURA Koichiro
教授

田村 浩一郎 タムラ コウイチロウ たむら こういちろう

プロフィール

所属

東京都立大学理学部 生命科学科
理学研究科 生命科学専攻

最終学歴・学位

東京都立大学大学院理学研究科博士課程修了・理学博士

専門・研究分野

分子進化遺伝学、進化ゲノミクス、バイオインフォマティクス

研究

研究テーマ

ショウジョウバエを用いた適応進化の遺伝機構に関する研究、分子進化遺伝学解析に関するバイオインフォマティクス 、分子進化・分子系統解析に関する理論的研究

研究キーワード

ショウジョウバエ、比較ゲノム解析、環境適応、分子進化、分子系統、数理モデル、コンピュータ・シミュレーション

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詳細情報

Stecher G, Tamura K, Kumar S (2020) Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) for macOS. Mol. Biol. Evol. 37:1237-1239

Miura S, Tamura K, Tao Q, Huuki LA, Pond SLK, Priest J, Deng J, Kumar S (2020) A new method for inferring timetrees from temporally sampled molecular sequences.PLOS Comp. Biol. 16:e1007046.Tao

Q, Tamura K, Mello B, Kumar S (2020) Reliable confidence intervals for RelTime estimates of evolutionary divergence times. Mol. Biol. Evol. 37:280-290

Tao Q, Tamura K, Battistuzzi FU, Kumar S (2019) A machine learning method for detecting autocorrelation of evolutionary rates in large phylogenies. Mol. Biol. Evol. 36:811–824

Patel R, Sanderford MD, Lanham TR, Tamura K, Platt A, Gilksberg BS, Dudley JT, Xu K, Scheinfeldt LB, Kumar S (2018) Adaptive landscape of protein variation in human exomes. Mol. Biol. Evol. 35:2015–2025.

Battistuzzi FU, Tao Q, Jones L, Tamura K, Kumar S (2018). RelTime relaxes the strict molecular clock throughout the phylogeny. Genome Biol. Evol. 10:1631–1636.

Tamura K, Tao Q, Kumar S (2018). Theoretical foundation of the RelTime method for estimating divergence times from variable evolutionary rates. Mol. Biol. Evol. 35:1770–1782

Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K (2018). MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Mol. Biol. Evol. 35:1547–1549.

Noyszewski AK, Liu Y-C, Tamura K and Smith AG. (2017) Polymorphism and structure of style–specific arabinogalactan proteins as determinants of pollen tube growth in Nicotiana. BMC Evol. Biol. 17:186.

Loh SYM, Ogawa Y, Kawana S, Tamura K, Lee HK. (2017) Semi-automated quantitative Drosophila wings measurements. BMC Bioinfomatics. 18:319.

Fraimout A, Debat V, Fellous S, Hufbauer RA, Foucaud J, Pudlo P, Marin J-M, Price DK, Cattel J, Chen X, Deprá M, Duyck PF, Guedot C, Kenis M, Kimura MT, Loeb G, Loiseau A, Martinez-Sañudo I, Pascual M, Richmond MP, Shearer P, Singh N, Tamura K, Xuéreb A, Zhang J, Estoup A. (2017) Deciphering the routes of invasion of Drosophila suzukii by means of ABC random forest. Mol. Biol. Evol. 34:980-996.

Mello B, Tao Q, Tamura K, Kumar S. (2017) Fast and accurate estimates of divergence times from big data. Mol. Biol. Evol. 34:45-50.

Kumar S, Stecher, G and Tamura K. (2016) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Mol. Biol. Evol. 33:1870-1874.

Satomura K, Tamura K. (2016) Ancient male recombination shaped genetic diversity of neo-Y chromosome in Drosophila albomicans. Mol. Biol. Evol. 33:367-374.

Liu L, Tamura K, Sanderford M, Gray VE, Kumar S. (2016) A molecular evolutionary reference for the human variome. Mol. Biol. Evol. 33:245-254.

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Filipski A, Tamura K, Billing-Ross P, Murillo O, Kumar S. (2015) Phylogenetic placement of metagenomic reads using the minimum evolution principle. BMC Genomics 16:1-9.

Filipski A, Murillo O, Freydenzon A, Tamura K, Kumar S. (2014) Prospects for building large timetrees using molecular data with incomplete gene coverage among species. Mol. Biol. Evol. 31:2542-2550.

Takezaki N, Nei M, Tamura K. (2014) POPTREEW: Web version of POPTREE for constructing population trees from allele frequency data and computing some other quantities. Mol. Biol. Evol. 31: 1622-1624.

Stecher G, Liu L, Sanderford M, Peterson P, Tamura K, Kumar S. (2014) MEGA-MD: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software with mutational diagnosis of amino acid variation. Bioinformatics 30:1305-1307.
公益信託進化学振興木村資生基金 木村賞(2019)
日本進化学会学会賞(2019)
科学技術政策研究所「科学技術への顕著な貢献 2007」(2007年)
日本遺伝学会奨励賞(2003年)
日本進化学会研究奨励賞(2002年)
日本進化学会(設立時代表理事、理事)
日本遺伝学会(評議委員)
Society for Molecular Biology and Evolution(Associate Editor)
Life, evolutionary biology section (Editor-in-chief)
DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列の比較解析から遺伝子・ゲノムの分子進化遺伝学的解析を行うためのソフトウェア”MEGA”(http://www.megasoftware.net/)の開発を共同研究として行っている。MEGAソフトウェアは研究者をはじめ、高等教育や企業の活動に至るまで社会でい広くいろいろな目的に利用されている。
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