尖端项目
有效利用首都大学东京的研究资源，开展各种各样的研究项目。
龙头项目
首都大学东京与东京都共同实施的旨在解决都市课题的研究项目。
有助于降低环境负荷的城市建设股票活用型社会的构建技术
抛弃对老化建筑物废弃重建的更新方法并将通过开发并促进新的节能技术和可再生能源技术来创造低环境负荷魅力都市的技术开发作为目标的研究项目。
医学部门与理工学部门合作的龙头项目
随着人口的老龄化，糖尿病、动脉硬化、癌症等生活方式病、阿尔茨海默病及其他痴呆症正在增加。老龄化在大城市中还不断加快，因此，开发出预防、诊断并治疗这些疾病的方法已成为当务之急。本研究项目旨在利用果蝇来阐明频率随着年龄的增加而升高的疾病的发展原理，寻找疾病标记物，指明为新药开发做贡献的靶的分子。此外，为了将这些研究成果有效用于哺乳类研究，还与财团法人东京都医学综合研究所进行共同研究。
高级研究
为了开发亚洲的优秀人才而接纳来自亚洲各国的留学生、开展为解决亚洲大都市存在课题和发展亚洲做贡献的高级研究活动的研究项目。
战略研究项目的支援
为首都大学东京的优势——研究项目提供大规模支援、由首都大学东京推进的旨在发展为解决大都市课题做贡献的研究领域的项目。本项目计划在2014年度启动。
基于校长决定的（全校）研究费的重点分配
利用为激活研究活动而竞争性重点分配研究费的研究项目成果。