優れた大学院教育の取組に対する国の重点的支援事業である「組織的な大学院教育改革推進プログラム外部リンク」に、首都大学東京から4件のプログラムが採択されており、大学院教育の改革に取り組んでいます。（事業期間 3年間）
| 公共経営の人材育成プログラム外部リンク | （社会科学研究科 経営学専攻） |
| 物理と化学に立脚し自立する国際的若手育成外部リンク | （理工学研究科 物理学専攻・分子物質化学専攻） |
| 企画評価力を備えた創造的生命研究者の育成外部リンク | （理工学研究科 生命科学専攻） |
| 理工横断型人材育成システムの再構築外部リンク | （理工学研究科 数理情報科学専攻・電気電子工学専攻・機械工学専攻） |
